Le pnrc dès la relance du processus en 1996 a été aux cotés des communes pour la désignation des sites sur son territoire Les modalités de gestion des sites natura 2000 qui privilégient la voie de la concertation et de la contractualisation est un outil tout a fait adapté à la mise en œuvre de sa charte, outre la gestion des habitats les documents d'objectifs de ces sites proposent et mettent en œuvre des suivis sur les espèces. Sur les 36 sites présents sur son territoire le Syndicat mixte est gestionnaire animateur de 11 sites dont trois au titre de la directive habitat et 8 au titre de la directive oiseau.